醫院特殊科室凈化工程是一項復雜且高度專業化的工程，涉及到空氣質量控制、溫濕度控制、微生物控制等多個方面。為了確保工程質量和安全，承接此類工程的公司通常需要具備以下資質：

建筑業企業資質：

建筑機電安裝工程專業承包資質：這是進行機電設備安裝工程的基本資質。

建筑裝修裝飾工程專業承包資質：涉及到室內裝修和裝飾工程。

醫療器械生產或經營許可證：

如果工程涉及到醫療器械的安裝和調試，可能需要具備相關的許可證。

潔凈室工程專業資質：

潔凈室工程設計與施工資質：專門針對潔凈室設計和施工的資質，確保公司有能力進行高標準的潔凈室工程。

ISO認證：

ISO 9001質量管理體系認證：確保公司在質量管理方面達到國際標準。

ISO 14001環境管理體系認證：確保公司在環境管理方面達到國際標準。

ISO 45001職業健康安全管理體系認證：確保公司在職業健康和安全管理方面達到國際標準。

安全生產許可證：

確保公司在施工過程中能夠遵守安全生產的相關法律法規。

工程設計資質：

建筑工程設計資質：如果公司負責設計部分，需要具備相應的設計資質。

專業技術人員資質：

項目經理、設計師、工程師等關鍵崗位的人員需要具備相應的職業資格證書，如注冊建造師、注冊工程師等。

其他相關資質：

消防設施工程專業承包資質：如果工程涉及到消防設施的安裝和調試。

電子與智能化工程專業承包資質：如果工程涉及到智能化系統的安裝和調試。

行業認證和會員資格：

例如，中國潔凈技術協會（CCAA）等行業組織的會員資格或認證。

地方性要求：

不同地區可能有特定的地方性法規和要求，需要根據項目所在地的具體情況進行準備。

在實際操作中，具體需要哪些資質可能會根據項目的具體要求和當地的法規有所不同。因此，在承接醫院特殊科室凈化工程之前，建議詳細了解項目要求和當地法規，并確保公司具備所有必要的資質和認證。